ИНТЕРАКТОМИКА В ТРАНСЛЯЦИОННОЙ МЕДИЦИНЕ
Аннотация
В статье обозначено место интерактомики в трансляционной медицине. Описаны подходы и методы, используемые для обнаружения межбелковых взаимодействий и построения интерактомов. Приведены примеры электронных баз данных, работающих с интерактомами, а также примеры консорциумов таких баз. Рассмотрены примеры использования интерактомов для разработки новых подходов и методов лечения таких заболеваний, как рак, диабет, шизофрения. Обозначены основные трудности, возникающие при построении интерактомов, и перспективы развития интерактомики.
Об авторах
А. И. Глухов
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет); ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова»
Россия
Россия
З. А. Хучуа
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет); Детский медицинского исследовательского центра
Россия
Россия
Г. К. Грызунова
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)
Россия
Россия
Д. В. Астахов
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)
Россия
Россия
М. И. Данилевский
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)
Россия
Россия
Список литературы
1. Cohrs R.J., Martin T., Ghahramani P., Bidaut L., Higgins P., Shahzad A: Translational Medicine definition by the European Society for Translational Medicine. New Horizons in Translational Medicine. 2015; 2(3): 86-88.
2. Batman A.M., Miles M.F. Translating Alcohol Research: Opportunities and Challenges. Alcohol Res. 2015; 37(1): 7-14.
3. Global Translational Regenerative Medicine Market Prospects 2017-2027. URL: https://www.visiongain.com/Report/1843/Global-Translational-Regenerative-Medicine-Market-Prospects-2017-2027
4. Beadle G.W., Tatum E.L. Genetic Control of Biochemical Reactions in Neurospora. Proc Natl Acad Sci U S A. 1941; 27(11): 499-506.
5. Stumpf M.P., Thorne T., de Silva E., Stewart R., An H.J., Lappe M., Wiuf C. Estimating the size of the human interactome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008; 105(19): 6959-64.
6. Goh K.I., Cusick M.E., Valle D., Childs B., Vidal M., Barabasi A.L. The human disease network. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007; 104(21): 8685-90.
7. Vidal M., Cusick M.E., Barabasi A.L. Interactome networks and human disease. Cell. 2011; 144(6): 986-98.
8. Snider J., Kotlyar M., Saraon P., Yao Z., Jurisica I., Stagljar I. Fundamentals of protein interaction network mapping. Mol Syst Biol. 2015; 11(12): 848.
9. Lage K. Protein-protein interactions and genetic diseases: The interactome. Biochim Biophys Acta. 2014. 1842(10): 1971-1980.
10. Xenarios I., Salwinski L., Duan X.J., Higney P., Kim S.M., Eisenberg D. DIP, the Database of Interacting Proteins: a research tool for studying cellular networks of protein interactions. Nucleic Acids Res. 2002; 30(1): 303-5.
11. Kerrien S., Aranda B., Breuza L., Bridge A., Broackes-Carter F., Chen C., Duesbury M., Dumousseau M., Feuermann M., Hinz U. et al. The IntAct molecular interaction database in 2012. Nucleic Acids Res. 2012; 40: D841-6.
12. Ceol A., Chatr Aryamontri A., Licata L., Peluso D., Briganti L., Perfetto L., Castagnoli L., Cesareni G. MINT, the molecular interaction database: 2009 update. Nucleic Acids Res. 2010; 38: D532-D539.
13. Chautard E., Fatoux-Ardore M., Ballut L., Thierry-Mieg N., Ricard-Blum S. MatrixDB, the extracellular matrix interaction database. Nucleic Acids Res. 2011; 39: D235-40.
14. Goll J., Rajagopala S.V., Shiau S.C., Wu H., Lamb B.T., Uetz P. MPIDB: the microbial protein interaction database. Bioinformatics. 2008; 24(15): 1743-4.
15. Breuer K., Foroushani A.K., Laird M.R., Chen C., Sribnaia A., Lo R., Winsor G.L., Hancock R.E., Brinkman F.S., Lynn D.J. InnateDB: systems biology of innate immunity and beyond--recent updates and continuing curation. Nucleic Acids Res. 2013; 41: D1228-33.
16. Niu Y., Otasek D., Jurisica I. Evaluation of linguistic features useful in extraction of interactions from PubMed; application to annotating known, high-throughput and predicted interactions in I2D. Bioinformatics. 2010; 26(1): 111-9.
17. Orchard S., Kerrien S., Abbani S., Aranda B., Bhate J., Bidwell S., Bridge A., Briganti L., Brinkman F.S., Cesareni G. et al. Protein interaction data curation: the International Molecular Exchange (IMEx) consortium. Nat Methods. 2012; 9(4): 345-50.
18. Kiemer L., Cesareni G. Comparative interactomics: comparing apples and pears? Trends Biotechnol. 2007; 25(10): 448-54.
19. Huttlin E.L., Bruckner R.J., Paulo J.A., Cannon J.R., Ting L., Baltier K., Colby G., Gebreab F., Gygi M.P., Parzen H. et al. Architecture of the human interactome defines protein communities and disease networks. Nature. 2017; 545(7655): 505-509.
20. Califano A., Butte A.J., Friend S., Ideker T., Schadt E. Leveraging models of cell regulation and GWAS data in integrative network-based association studies. Nat Genet. 2012; 44(8): 841-7.
21. Li J-W., Lee H-M., Wang Y., Tong AH-Y., Yip K.Y.., Tsui SK-W., Lok S., Ozaki R., Luk A.O., Kong A.P.S. et al. Interactome-transcriptome analysis discovers signatures complementary to GWAS Loci of Type 2 Diabetes. Scientific Reports. 2016; 6: 35228.
22. Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics C: Biological insights from 108 schizophrenia-associated genetic loci. Nature. 2014; 511(7510): 421-7.
23. Millar J.K., Christie S., Anderson S., Lawson D., Hsiao-Wei Loh D., Devon R.S., Arveiler B., Muir W.J., Blackwood D.H., Porteous D.J. Genomic structure and localisation within a linkage hotspot of Disrupted In Schizophrenia 1, a gene disrupted by a translocation segregating with schizophrenia. Mol Psychiatry. 2001; 6(2): 173-8.
24. Camargo L.M., Collura V., Rain J.C., Mizuguchi K., Hermjakob H., Kerrien S., Bonnert T.P., Whiting P.J., Brandon N.J. Disrupted in Schizophrenia 1 Interactome: evidence for the close connectivity of risk genes and a potential synaptic basis for schizophrenia. Mol Psychiatry. 2007; 12(1): 74-86.
25. Ganapathiraju M.K., Thahir M., Handen A., Sarkar S.N., Sweet R.A., Nimgaonkar V.L., Loscher C.E., Bauer E.M., Chaparala S. Schizophrenia interactome with 504 novel protein-protein interactions. Npj Schizophrenia. 2016; 2: 16012.
26. Ung M.H., Liu C.C., Cheng C. Integrative analysis of cancer genes in a functional interactome. Sci Rep. 2016; 6: 29228.
27. Taylor I.W., Linding R., Warde-Farley D., Liu Y., Pesquita C., Faria D., Bull S., Pawson T., Morris Q., Wrana J.L. Dynamic modularity in protein interaction networks predicts breast cancer outcome. Nat Biotechnol. 2009; 27(2):199-204.
28. Brown K.R., Jurisica I. Online predicted human interaction database. Bioinformatics. 2005; 21(9): 2076-82.
29. Wang Y., Cortez D., Yazdi P., Neff N., Elledge S.J., Qin J. BASC, a super complex of BRCA1-associated proteins involved in the recognition and repair of aberrant DNA structures. Genes Dev. 2000; 14(8): 927-39.
Для цитирования:
Глухов А.И., Хучуа З.А., Грызунова Г.К., Астахов Д.В., Данилевский М.И. ИНТЕРАКТОМИКА В ТРАНСЛЯЦИОННОЙ МЕДИЦИНЕ. Сеченовский вестник. 2018;(1):4-15.
For citation:
Glukhov A.I., Khuchua Z.A., Grizunova G.K., Astakhov D.V., Danilevskiy M.I. INTERACTOMICS IN TRANSLATIONAL MEDICINE. Sechenov Medical Journal. 2018;(1):4-15. (In Russ.)
Просмотров: 63
Послать статью по эл. почте 